Auf seiner wissenschaftlichen Laufbahn war Jiří Wackermann Autor oder Koautor von ca. 80 Originalmitteilungen in Fachzeitschriften sowie auch von zahlreichen Beiträgen in Konferenzabhandlungen und Sammelbänden. Seine Interessen beziehen sich auf mehrere Forschungsgebiete:

Neurophysiologie und Elektrophysiologie des Gehirns

• Nicht-lineare Methoden in Untersuchungen elektrischer Hirnaktivität
• Zustandsraum-Methodik und globale Deskriptoren des EEG
• Identifizierung von funktionalen Mikrozuständen des Gehirns

Psychophysiologie und Bewusstseinsforschung

• Experimentell veränderte Bewusstseinszustände

Psychophysik und Wahrnehmungsforschung

• Zeitwahrnehmung und das Maß der "subjektiven Zeit"
• Geometrie des Sehfelds und "geometrisch–optische Illusionen"

Philosophische Aspekte der Wissenschaft

• Grundfragen der Psychophysiologie and Psychophysik